木浦子供海科学館は大きく分けて５つの展示スペースがある。 「海想像ホール」は科学館の入口部分で子供たちに海を想像しながら好奇心を持たせるようにする展示スペースだ。 次の「深い海」展示館は「海と探査」というテーマで深海底で発見される海底資源と海底地形を潜水艇を利用して探査する過程を「うじゃうじゃ資源探査」、「あちこち海探査」などの体験スペースで体験できるようになっている。 ２階にある「中間の海」は「海と生物」のテーマで中間海などで適応して生きている生物の特徴と多様性を体験できるように「海の林かくれんぼ」、「忙しい中間海」などの展示館で構成した。 「浅い海」は「海と環境」をテーマに海洋から得られるエネルギー資源とヨットやウィグ船に乗って海洋レジャーが楽しめる展示スペースなどで構成されている。 最後に「海子供ドーム」は乳幼児を対象に干潟公園を構成して子供たちの感覚を刺激して豊かにするように構成されたスペースだ。 これ以外にも海洋関連映像が見られる「4D 映像館」、「干潟生態水槽」などが準備されている。